在反渗透水处理工艺中，活性炭过滤器用于对有机物的吸附和对过量氯(余氯)的吸附去除，对前者去除能力较差，通常为50％，对后者则很强，可以完全脱除余氯，这是由于在对余氯吸附的同时，还有自身被氯化的作用。
活性炭的吸附能力曾被用于口服对肠道细菌的吸附而治疗细菌性痢疾，在一战中，氯气类毒气作为大规模杀伤性武器被使用，活性炭则是防毒面具中主要的毒气吸附剂，离子交换树脂被广泛应用后，活性炭在化学除盐系统中使用较广，水处理设备大型机组对有机酸的腐蚀敏感，因此配置活性炭床者更多。活性炭吸附水中营养物质，可以成为细菌微生物的温床，微生物膜对水的阻力影响较大，因此，应定期进行反洗去污。如果反洗不能奏效时，应进行灭菌处理。
实际上，按照进水浊度安排合理的反冲洗制度更具有实际意义。由于微生物膜与微生物黏泥难于清净，采取空气擦洗是必要的。国内某热电厂曾用受严重污染的河水作为原水，水中菌、藻和微生物对滤池污塞严重，虹吸滤池的运行时间和反洗时间持平；活性炭过滤器无法使用，混床被黏泥结成团块无法分层再生。为保证水的产量，将虹吸滤池滤料粒径由1mm左右先后放大到2mm和3～4mm，将混床改成二级阳床与二级阴床除盐，其出水质量虽下降，但是满足了供热的用水量。终的解决对策是使用了部分自来水，缓解河水污染造成的困扰。
因此，当活性炭过滤器由于菌、藻造成污塞时除了加强反洗保证压差在规定范围内之外，灭菌虽属重要，但是更应从产生的源头上解决。
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