对于依赖宿主的病原体在离开宿主后，大部分病原体丧失活力和感染能力。其衰减速 度常呈指数增长，在一段时间后则检测不到病原体了。存活能力低的病原体必须迅速找到 新的宿主，并且常常是通过人与人接触，或是因个人卫生状况不佳而传播，而不是经饮用水 传播。存活能力受多种因素影响，其中温度是最重要因素。高温时衰减速度通常要快一些， 这可能是由于阳光中紫外线辐射对水体表层病原体的杀灭效应。
比较高的可生物降解有机碳，加上温暖的水体和低残留氯浓度，能让某些微生物在地表 水及供水系统中生长，如军团菌、霍乱弧菌、福氏耐格里阿米巴、棘阿米巴和其他一些有害生 物（见附录１支持性文件《异养菌平皿计数（ＨＰＣｓ）与饮水安全》以及《军团菌属和军团菌属 的预防》）。
水质微生物特性可能会迅速并大范围的发生改变。病原体含量的骤增可显著增加疾病 发生的风险，并可引起水源性疾病的暴发。微生物能够在沉积物中积累并当流速增大时发 生迁移。对微生物的水质监测通常不可能及时提供信息，因而管理部门无法及时采取措施 以防止不安全供水。
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